Responsable : Julien Barc
Equipe I : Génétique cardiovasculaire
Candidat.e : inscrit.e en M1 BIOLOGIE SANTE parcours SCIENCES BIOLOGIQUES de l'Université de Nantes

Titre du projet : Identification de nouveaux gènes associés à la mort subite cardiaque et compréhension du rôle des régions régulatrices du génome humain chez des patients atteints de pathologies cardiaques

Résumé du projet

Les nouvelles technologies de génomique nous permettent désormais d’explorer à l’échelle du génome l’ensemble des variants génétiques portés par un patient. En effet, jusqu’à présent, la recherche de variants génétiques causaux se portait principalement dans les régions codantes (exons) du génome. Cependant cette partie ne représente que 2% du génome. Ainsi nous avons développé plusieurs stratégies permettant de découvrir des variants rares responsables de formes familiales et des variants fréquents de prédisposition aux arythmies cardiaques à risque de morts subites localisés dans les régions non-codante du génome. Ces régions correspondent principalement à des régions régulatrices de la transcription mais peu de données sont disponibles concernant leurs localisations et rôles dans le tissu cardiaque humain rendant difficile l’interprétation des variants identifiés dans ces régions. Des études épigénétiques basées sur du ChIP-seq, ATAC-seq sur des cardiomyocytes humains dérivés d’iPSC permettront d’identifier le rôle de ces régions non-codantes ainsi que leur impact sur la régulation transcriptionnelle des gènes cibles et ainsi ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques.

Techniques envisagées :
  • Préparation de librairies compatibles avec la nouvelle génération de séquençage (ChIP-seq, ATAC-seq)
  • Analyse familiale associée au whole genome sequencing,
  • PCR
  • qPCR
  • Séquençage capillaire