Stage Master 1 - Equipe I - Génétique cardiovasculaire

Formation de l’étudiant

Le stage peut correspondre à un.e étudiant.e ayant une formation biologie ou bio-informatique selon la partie du stage désirée (production ou analyse de données).


Résumé du projet de recherche

Les nouvelles technologies de génomique nous permettent désormais d’explorer à l’échelle du génome l’ensemble des variants génétiques portés par un patient. L’équipe vise à identifier des mutations responsables de formes familiales d’arythmies cardiaques à risque de mort subite ainsi que des variants fréquents augmentant le risque de développer la pathologie (facteur de risque). Aujourd’hui le challenge réside dans l’interprétation des variants contenus dans la partie non-codante du génome représentant 98% du génome.
Les projets en cours dans l’équipe visent ainsi à caractériser l’impact fonctionnel des variants identifiés dans des régions non-codantes du génome et probablement impactant des régions régulatrices de la transcription des gènes. Cette étude est basée sur des approches d’épigénétiques comme l’ATAC-seq permettant d’identifier les régions actives et de ChIP-seq permettant de caractériser leurs rôles et d’identifier les régions où se fixent les facteurs de transcription cardiaque.
Le stage consistera à générer des données épigénétiques à partir de cardiomyocytes humains dérivés d’iPSC, analyser et interpréter les résultats en collaboration avec les différents membres de l’équipe. Cette étude permettra d’identifier la localisation de ces régions régulatrices et celles perturber par des variants génétiques associés à des pathologies rythmiques à risque de mort subite.


Titres et travaux (5 publications les plus significatives)

RRAD mutation causes electrical and cytoskeletal defects in cardiomyocytes derived from a familial case of Brugada syndrome
Belbachir N, Portero V, Al Sayed ZR, Gourraud JB, Dilasser F, Jesel L, Guo H, Wu H, Gaborit N, Guilluy C, Girardeau A, Bonnaud S, Simonet F, Karakachoff M, Pattier S, Scott C, Burel S, Marionneau C, Chariau C, Gaignerie A, David L, Genin E, Deleuze JF, Dina C, Sauzeau V, Loirand G, Baró I, Schott JJ, Probst V, Wu JC, Redon R, Charpentier F, Le Scouarnec S.
Eur Heart J. 2019 May

Progressive Atrial Conduction Defects Associated With Bone Malformation Caused by a Connexin-45 Mutation
Seki A*, Ishikawa T*, Daumy X*, Mishima H, Barc J, // Probst V, Yoshiura KI, Redon R, Schott JJ*, Makita N*
J Am Coll Cardiol. 2017 Jul

Familial Catecholamine-Induced QT Prolongation in Unexplained Sudden Cardiac Death
Huchet F*, Kyndt F*, Barc J*, Thollet A, Charpentier F, Redon R, Schott JJ, le Marec H, Probst V, Gourraud JB
J Am Coll Cardiol. 2017 Mar

Role of common and rare variants in SCN10A: Results from the Brugada syndrome QRS locus gene discovery collaborative study
Behr ER*, Savio-Galimberti E*, Barc J*, Holst AG*, //, Guicheney P*, Crotti L*; UK10K Consortium, Jamshidi Y*
Cardiovasc Res. 2015 Feb

Common variants at SCN5A-SCN10A and HEY2 are associated with Brugada syndrome, a rare disease with high risk of sudden cardiac death
Bezzina CR*, Barc J*, Mizusawa Y*, Remme CA*, Gourraud JB*, //, Wilde AA*, Probst V*, Schott JJ*, Dina C*, Redon R*
Nat Genet. 2013