• Le 24 octobre 2019
    Institut de Recherche en Santé - 8 quai Moncousu - Nantes
    Salle 4 (Hall)
  • 10h00

Titre de la thèse : Implémentation du haut débit dans l'identification des causes moléculaires de la déficience intellectuelle

Equipe

Emerging Team - Medical Genetics

Directeur de thèse

Stéphane BEZIEAU


Co-directeur de thèse

Bertrand ISIDOR


Jury

  • Thomas BOURGERON - Paris 7 / Institut Pasteur (rapporteur)
  • Amélie PITON - Université de Strasbourg / IGBMC (rapporteur)
  • Sylvie ODENT - Université de Rennes / CHU de Rennes (examinateur)
  • Pascale SAUGIER-VEBER - Université de Rouen / U1245 (examinateur)

Résumé

La déficience intellectuelle (DI) touche environ 1% de la population. La DI est très hétérogène sur le plan génétique puisque plus de 1000 gènes ont été identifiés jusqu’à présent. Le séquençage haut débit de l’ADN permet aujourd’hui d’analyser la totalité des gènes d’un individu (exome) ou la totalité de son génome. Ces approches représentent donc une opportunité pour apporter un diagnostic aux patients atteints de DI et leurs famillles et pour identifier de nouveaux gènes responsables de DI.
Dans un premier temps, nous avons mis en place l’exome en diagnostic au CHU de Nantes. L’analyse d’une cohorte de 424 cas index a permis de poser un diagnostic dans 38,4% des cas. Nous avons ainsi confirmé l’efficacité de l’exome dans le diagnostic étiologique de la DI. Des analyses d’exomes en trio au sein du protocole de recherche HUGODIMS nous ont ensuite permis d’identifier 24 patients porteurs de variants faux-sens de novo dans un nouveau gène, TRRAP, avec un phénotype variable allant de la DI isolée à l’autisme avec ou sans DI jusqu’à des formes syndromiques avec malformations.
Certains patients restent cependant sans diagnostic après une analyse d’exome. Nous avons donc réalisé 7 génomes en trio et nous avons identifié avec certitude la cause génétique pour 4 patients. L’étude du génome représente donc l’avenir proche du diagnostic de la DI et de la recherche de nouveaux gènes responsables de DI, mais des défis technologiques subsistent pour traiter ces données notamment en terme de stockage informatique et d’analyses bio-informatiques.