Architecture Génétique et prédiction dans les pathologies humaines complexes

Résumé du projet de recherche

Le génotypage et le séquençage génome entier permettent d'identifier des facteurs génétiques associés aux risques des pathologies humaines. Chaque variant génétique identifié n'augmente que faiblement le risque de maladie, mais l'ensemble des effets, estimé à l'échelle du génome entier, permet de caractériser la contribution génétique globale à une pathologie ou à un facteur de risque.

Le stage proposé visera à étudier la distribution des effets génétiques à l'échelle du génome, à partir des sorties de méthodes d'estimation bayésienne (SBayesRC), pour des facteurs de risque et des pathologies cardiovasculaires. L'étudiant(e) explorera comment cette distribution des effets varie lorsque les variants sont répartis en plusieurs catégories, notamment en fonction de leur localisation dans des régions régulatrices candidates (CRE), à partir de données externes d'annotation fonctionnelle issues de l'atlas single-cell ATAC-seq HDMA et du pipeline d'annotation CT-FM. L'objectif est de mieux comprendre où et comment se concentrent les effets génétiques le long du génome, en lien avec l'activité régulatrice spécifique à certains types cellulaires. Une petite partie du stage pourra également porter sur l'utilisation de ces résultats à des fins de prédiction (score de risque), à titre d'illustration ou de validation des observations.

Profil et compétences de l’étudiant·e recherché·e :

• S’adresse plutôt mais pas exclusivement à un cursus de bio-informatique
• Bases solides en R
• Aisance avec la ligne de commande Unix et la navigation dans une arborescence de fichiers
• Connaissance de base en test statistique
• Une sensibilité pour la génétique serait appréciée, sans être requise